“总体来看，争议主要集中在由社会第三方机构主导的博物馆研学活动领域。”郑奕说，争议点包括几个类型：一是“游而不学”，打卡式研学，浮于表面甚至“信口开河”，讲解词不严谨、误导学生；二是研学热遇上预约难，一些研学活动对普通观众的正常观览造成影响；三是以“蹭资源”代替“真合作”，一些机构或个人利用博物馆资源降低成本、售卖高价服务。2023年，中国国家博物馆发布《关于规范馆内讲解秩序的通知》，对单位或个人在馆内开展讲解、研学活动作出明确规范。中国国家博物馆社会教育部主任周靖程认为，要辩证看待研学机构开展博物馆研学活动：一方面缓解了馆方的供给能力不足问题，为大众提供了更加丰富的选择，且在讲解方面确有“民间高手”；另一方面也要看到，涉及价格、讲解、秩序、安全等方面的乱象损害了消费者权益，给博物馆安全带来了隐患，扰乱了正常秩序。
周靖程认为，规范博物馆研学旅游是必要的，这主要是基于博物馆的3个属性：一是政治属性，博物馆要向观众传播正确的历史观、民族观、国家观和文化观；二是教育属性，博物馆要坚持正确的价值导向；三是公益属性，博物馆不能以营利为目的。
“当前，博物馆研学存在一些问题，如缺乏专业化引导；对情感认知、社会能力培养重视不足；存在‘研而不学’现象；效果评价不够具体、不够及时；一些指导老师没有接受过专业研学培训。”上海科技馆科学传播中心副主任宋娴说，优质博物馆研学应允许参与者表达观点和想法，与参与者的实际生活经验结合起来，充分考虑参与者的情感需求、认知范畴。 “尽管发展势头良好，但是博物馆研学面临诸多挑战。”何宏说，一是标准不明，对研学中的教育以及学习标准没有规范要求；二是供给不足，需求巨大，但现阶段供给仍显不足，所以许多学校把研学课程的设计实施委托给旅行社或者研学机构；三是师资不足。